بخش بزرگی از تخریب جنگل های ارسباران برای بهره برداری از معادن انجام می گیرد. در مناطق جنگلی آذربایجان شرقی دهها معدن بزرگ مس وطلا وجود دارد که از جمله آنها می توان معدن مس سونگون که بزرگترین معدن مس خاورمیانه است و همچنین به معدن طلای اندیانکه آنهم از بزرگترین معادن طلای دنیاست ودر کنار آن معدن طلایمزرعه شادی را نام برد .
برای بهره برداری از این معادن ابتدا روستا ها وجنگل های محدوده معدن را کاملا صاف کردند و آنگاه شروع به بهره برداری از معدن نمودند. تنها در یک مورد معدن مس سونگون هزاران هکتار جنگل را از بین برده و نه تنها برای بهره برداری از معدن بلکه برای ایجاد جاده های عریضوطویل تیز برای انتقال مواد معدنی به خارج از منطقه جنگل ها وبیشهها را تخریب کرده است . بگفته زین العابدین خرم استاندار آذربایجانشرقی قرار بوده مدیریت مس سونگون در ازای جنگل های تخریب شده چهار هزار هکتار جنگل کاری انجام بدهد که تا بحال حتی یک اصله درخت نیز نکاشته است .
ضایعات این معادن نیز محیط زیست را کاملا تخریب می کند . سیانور که برای بهره برداری از معادن طلا مصرف می شود همراه با سایر ضایعات معدنی در منطقه رها می شود و وارد آبهای جاری وزیرزمینی منطقه شده موجب تلف شدن حیوانات و مسمومیت انسان ها می گردد . در اعتراض به آلوده کردن آبهای منطقه بارها مردم تظاهرات جمعی کرده اند اما حکومت بفکر بهره برداری حد اکثری از معادن است و به سلامتی مردم توجه ندارد.
خسارتی که به محیط زیست آذربایجان در اثر بهره برداری غیرقانونی از جنگل ها وارد می شود جبران ناپذیر است زیرا جنگل هایآذربایجان از نوع جنگل خشک هستند ورشد آنها بسیار کند می باشد و نه تنها افراد سود جو بلکه نهاد های حکومتی نیز باشکال مختلف اینجنگل ها را تخریب می کنند بعنوان مثال برای کشیدن خط انتقال گاز به ارمنستان با اینکه امکان کشیدن خط لوله از مناطق غیر جنگلی وجود داشت اما بنیاد خاتم الانبیاء وابسته به سپاه پاسداران بدون توجه به نظر سازمان خفاظت ازمحیط زیست استان ، با بولدیزر قسمت وسیعی ازاین جنگل ها را تسطیح نمود تا لوله گذاری گاذ صادراتیانجام بگیرد .
با از بین رفتن جنگل های ارسباران ،صدها نوع حیوانات جنگلی که در نوع خود بی نظیر هستند از بین می روند یعنی با قطع درختان جنگل های ارسباران نه تنها جنگل های منحصر بفرد از بین می روند بلکه اکوسیستم منطقه نیز تغییر می کند و حیاط وحش نابود می شود .از جمله حیوانات این جنگل ها گونه های مختلف گوزن وانواع خرس میباشد که با از بین رفتن جنگل و همچنین سر وصدای شبانه روزی بهره برداری از معادن عملا بقای آنها غیر ممکن می گردد.